Polikistik over sendromunun sebebi tam olarak bilinmemekle birlikte oluşmasında kalıtsal ve çevresel faktörlerin etkisi olduğu tespit edilmiştir. Kadının ailesinde hastalık öyküsü olanların polikistik over sendromuna yakalanmaları, olmayanlara göre çok daha fazla olduğu bilinmektedir. Yine obezite ve buna bağlı oluşan insülin direnci hastalığın gelişmesinde önemli bir faktör olarak karşımıza çıkmaktadır. Çünkü kanda insülin hormonunun artıışı vücutta androjen hormonun üretimini arttırmaktadır. Bu artış yumurtlamada problemler oluşturur ve yumurtalıklarda kist oluşumu başlar ve ilerleyerek Polikistik over sendromu ortaya çıkar.
Polikistik over sendromu sebepleri arasında bazı tarım ilaçları, dioksinler, fitoöstrojenler, BPA, Bisfenol A, DBP gibi birtakım kimyasallara maruz kalmak gösterilmektedir. Bu durum hormonal dengenin bozulmasına yol açarak polikistik over sendromuna sebep olabilir.